Gerry Duggan ha iniziato a lavorare nel 1999 alla fumetteria Golden Apple Comics, dove ha conosciuto molti dei suoi futuri collaboratori, per poi passare a vari lavori di produzione in TV, premi, pilot e film prima di trovare la sua strada nel fumetto americano.

Ha scritto per Marvel serie come Hulk, Nova, Hawkeye vs. Deadpool e soprattutto Deadpool (in co-scrittura con Brian Posehn), oltre a Batman: Arkham Manor per DC. La sua carriera nei comics parte a Image Comics, dove co-crea The Last Christmas (con Posehn e Rick Remender) e The Infinite Horizon (con Phil Noto), nominata agli Eisner nel 2008 come Miglior Nuova Serie.

Per Marvel ha poi lavorato su Doctor Strange: The Last Days of Magic e, negli ultimi anni, è diventato uno dei principali architetti della linea mutante: ha scritto la serie acclamata Marauders nel rilancio degli X-Men del 2019, ha sceneggiato Cable e dal 2021 firma la testata principale X-Men, raccogliendo il testimone da Jonathan Hickman.